Eskilsø ejes af Erik og Ingrids naturfredningsfond (Struckmannfonden). Fonden blev oprettet i 1974 for arven efter Erick og Ingrid struckmann og har til formål at erhverve, beskytte og pleje naturarealer. Fonden købte Eskilsø i 1982. Eskilsø hørte tidligere til Selsø-Lindholm Gods.
